Le Lycée Militaire de Jeunes Filles Général Mathieu KEREKOU fut crée le 17 Aout 2000 sous l’initiative du feu Général Mathieu KEREKOU. Le Prytanée Militaire de Bembéké, qui se consacrait à la formation des jeunes garçons, a suscité la nécessité de créer un établissement équivalent pour les jeunes filles, afin de garantir l'égalité des chances entre les sexes.
C'est ainsi que le Général Mathieu KEREKOU, souhaitant rectifier cette inégalité, a pris la décision de fonder le Lycée Militaire des Jeunes Filles (LMJF) par le décret numéro 2000-400 du 17 août 2000. Au tout début de son existence, l'établissement se trouvait dans des locaux du Collège d'Enseignement Général 2 (CEG 2) situés au Nord de la ville de Natitingou. Site qui ne proposait pas un environnement propice à l'étude, à la formation et au développement complet des jeunes Enfants de Troupe.
En 2007, le Lycée change de site et possède aujourd'hui un vaste campus de 11 hectares, des salles de classe confortables, des hébergements modernes, une infirmerie, des installations de loisirs aménagées, ainsi qu'un réfectoire répondant aux normes les plus élevées.
Le 12 Décembre 2015 en hommage au feu Général Mathieu KEREKOU, l'école est rebaptisée ''Lycée Militaire de Jeunes Filles Général Mathieu Kérékou''.